特殊技能
「特殊技能」とは、パイロット個人が持つその名の通りの技能、つまり今風に言えばスキルのこと。特殊技能は何を覚えるかはあらかじめ個々で決まっており、自由に付け替えたり、新たに追加したりということはできない。
この特殊技能にはレベルが設けられていて、パイロット自身のレベルが特定の数値に達すると、特殊技能もレベルアップするという仕組みになっている。特殊技能のレベルが上昇すれば、当然それだけ戦闘では有利に働くので、特殊技能の効果は決してバカにできない。特にゲーム終盤ともなれば敵味方共に特殊技能がどうしても発動しやすくなるので、結構ヒヤヒヤする。
以下に、それぞれの効果についてまとめたので、よく読んで把握してほしい。
ニュータイプ、強化人間
ガンダムシリーズに登場したパイロットがよく持っている技能。命中と回避にボーナスが付くほか、ニュータイプ専用武器であるサイコミュ兵器・ファンネルが使用可能になり、しかも射程距離にボーナスが付く。レベルが上がれば上がるほどボーナスの数値が増えていくので、同じガンダム系パイロットでも、ニュータイプであるか否かで結構な差ができてしまう。ちなみに強化人間とは、簡単に言えば「人工的なニュータイプ」で、ボーナスそのものはニュータイプと違いはない。
なおSS版とPS版Fとでは、レベル3からファンネルの射程にボーナスが付くが、完結編ではSS版・PS版共にファンネル射程のボーナスはレベル7から付くように変更されている（つまりFと完結編とでは技能修正の効果が違う）。
| 技能レベル | 回避・命中ボーナス | ファンネルの射程 |
| LV1 | ＋10 | ＋0 |
| LV2 | ＋15 | ＋0 |
| LV3 | ＋20 | ＋1 |
| LV4 | ＋25 | ＋1 |
| LV5 | ＋30 | ＋2 |
| LV6 | ＋35 | ＋2 |
| LV7 | ＋40 | ＋3 |
| LV8 | ＋45 | ＋3 |
| LV9 | ＋50 | ＋4 |
聖戦士
ダンバイン系のパイロットが習得する技能。ハイパーオーラ斬りの使用を可能にするほか、回避とハイパーオーラ斬りの攻撃力にボーナスがつく。ボーナス値はレベルが上がれば上がるほど高まる。なおSS版Fではオーラバリアの強度にも関係していたようだが（攻略本によれば）、PS版ではその効果は削除されたとのこと。ちなみにオーラバリアの強度ボーナス値は、ハイパーオーラ斬りのボーナス値と共通する。
| 技能レベル | 回避ボーナス | ハイパーオーラ斬りの攻撃力 |
| LV1 | ＋5 | ＋200 |
| LV2 | ＋10 | ＋400 |
| LV3 | ＋15 | ＋600 |
| LV4 | ＋20 | ＋800 |
| LV5 | ＋25 | ＋1000 |
| LV6 | ＋30 | ＋1200 |
| LV7 | ＋35 | ＋1400 |
| LV8 | ＋40 | ＋1600 |
| LV9 | ＋45 | ＋1800 |
SS版では、この聖戦士レベルによるボーナス値反映にバグがあり、SS版とPS版とでは戦闘結果がまるで違ってくる。詳細はユニットデータの「ユニットのバグ」のページにて。
シンクロ率
正確には特殊技能ではないのだが、ここに分類しておく。シンクロ率は攻撃・命中・回避のそれぞれにわずかではあるが影響している。このシンクロ率はパイロットのレベルアップと共に上昇していく。なおシンクロ率が10％に満たない場合は出撃できなくなるらしいが、基本的にそういう場面（シンクロ率の低下）はない。
- A＝格闘攻撃力or射撃攻撃力or命中or回避とする。
- （A÷100）×｛100＋（シンクロ率−50）÷2｝＝A'
- 上記計算式で求められたA'を、各種計算式の該当箇所に代入する。
例えば、レベル16でシンクロ率46％の綾波レイが、装甲1750のグライア（地形は平原）に、攻撃力2100のプログレッシブ・ナイフで攻撃したときのダメージは、以下のようになる。
- まずはシンクロ率で補正された攻撃力を求める。
A'＝1.5×｛100＋（46−50）÷2｝
A'＝1.5×98
A'＝147 - 求められたA'を、ダメージ計算式に当てはめる。
攻撃側：武器2100×攻撃力1.47×地形1.2×気力1.02＝3778
防御側：装甲1750×地形1.2＝2100
予想ダメージ：3778−2100＝1678
1の誤差はあるが、おおよそ計算と同じくらいの戦闘結果が出た。計算式のどこかに何か数値が足されているのかもしれないが、よく分からなかった。ちなみに電撃やソフトバンクの攻略本によると、
A'＝（A＋シンクロ率）×｛100＋（シンクロ率−50）÷2｝÷100
となっているが、この計算式だと戦闘結果とまるで一致しない。また計算式上、シンクロ率が50％未満の場合、パイロットの攻撃力・命中・回避に下方修正がかかってしまうことが分かる。
切り払い
敵の実弾兵器、あるいは格闘武器による攻撃を、技能レベル÷16の確率で無効化する。ただし搭乗するユニットに、剣やビームサーベル、あるいはそれらに準じた武器が搭載されていなければ発動しない。
この技能で切り払うことができるのは、ミサイルやファンネル、ビームサーベルなどによる攻撃が該当する。ダメージを完全に0にできるので、かなり便利だ（敵パイロットの中にも習得している者は多いので、厄介でもあるのだが）。また意外に知られていないことだが、攻撃したさいに敵が反撃不能である場合は、切り払いは発動しない（SS版Fは発動するらしいが未検証）。したがって、切り払いをされて無駄弾にならないようにするには、こちらに反撃ができない、射程が短い敵を狙うとよい。重要なテクニックなので、覚えておこう。
シールド防御
敵に攻撃されたときに、技能レベル÷16の確率で発動する。つまり、技能レベルが4の場合は、25％の確率ということになる。発動すると、敵から受けるあらゆるダメージが半減するので、HPの低いユニットにとっては、ありがたい技能だ。当然のことながら、盾を装備している機体に、シールド防御の技能を持つパイロットが乗っていなければ発動しない。どちらかが欠けていてはダメだ。なお戦闘時にどういうシチュエーションで特殊技能が発動するのかについては、「特殊技能補足」のページを参照のこと。
※電撃の攻略本によれば、SS版Fでは反撃時に回避か防御を選択した場合、シールド防御と切り払いが発動しないとある。未検証。
底力
いわゆる、「火事場のクソ力」。ユニットのHPが1/8以下になると発動する。この技能が発動すると、回避と命中に＋10のボーナスが付き、さらにクリティカル率が50％上昇する。正直なところ使いどころが難しく、狙ってもいなければお世話になることはないだろう。