ユニットのバグ
分身が発動したときのバグ
PS版のFで確認。対ビームバリアと分身を持つユニット（例えばオーラバトラー）が敵からビーム兵器で攻撃されたさい、分身で攻撃を回避したとする。すると、戦闘シーンの中ではENに変化はないものの、マップ画面に戻るとバリアが発動した分、ENが減っているという現象が起こる。
具体的に見ていこう。例えば上の画像のように、ビルバインに乗ったマーベルが、バウのビームライフルを分身で回避する。戦闘開始前のビルバインのENは159で、分身発動時のENも159だ。
しかし戦闘が終わってマップ画面に戻ると、ビルバインのENが154になっている。分身によるENの消費はないので、これはオーラバリア分のENが差し引かれてしまったと考えられる。おそらく戦闘の内部処理的には「分身が発動した」という処理が優先されているものの、その処理判定とは別に「ビーム兵器による攻撃が命中した。しかしオーラバリアで防いだ」という処理もおこなわれているために、このような現象が起こってしまうのではないだろうか。
イーノが攻撃するときのバグ？
PS版のFと完結編での確認。通常戦闘シーンで攻撃するときは、台詞を言ったあとに武器での攻撃が始まるが、イーノだけは少し違って、台詞の再生とほぼ同時に攻撃が始まり、台詞を言いながら攻撃するような形になる。
もう少し具体的に書くと、例えばビームライフルで攻撃するときの通常戦闘シーンの流れは以下の手順になる。
- 「そこだっ！」などのパイロットの台詞が再生。
- 台詞の再生が終わるとロボットのグラフィックにビームライフルが表示される。
- ビームライフルからビームが射出される。
しかしイーノの場合、手順1と2がほぼ同時におこなわれ、若干だが他のキャラクターよりも戦闘のテンポが早い。ただし、リ・ガズィ（BWS）のメガビームキャノンのような、「攻撃時に武器グラフィックが追加表示されずにビームが発射されるだけの武器」についてはその限りではないようだ。ビームライフル、ビームサーベルといった、攻撃時に何かしら武器グラフィックが追加表示される武器でイーノと他のパイロットの攻撃時のテンポを比べてみると結構分かりやすい。
ロングビームサーベルのバグ
PS版のバグ。Ζガンダムの武器のひとつ「ロングビームサーベル」は使うとENを10消費する設定になっているが、実際には使ってもENは消費されない。完結編では修正されて、消費するようになっている。
分離ユニットによる経験値バグ
PS版のバグ。エネミーフェイズ時、一度撃墜されても本体が残るユニットであるリ・ガズィ（BWS）、スーパーガンダムが敵から攻撃されて撃墜されたさい、味方機ユニットの反撃による攻撃が「命中した」と内部処理上判定されている場合は、戦闘終了後、味方機の攻撃アニメーションが表示されていないにもかかわらず、本体に乗っていたパイロットは攻撃を当てた分の経験値を入手する。なおこのとき敵ユニットのHPが減ることはなく、また当然反撃による攻撃が「外れた」と判定された場合は、撃墜後経験値は手に入らない。
スーパーガンダムのバグ
PS版で確認。ユニット性能の改造において、スーパーガンダムとガンダムmkIIは別個になっているため改造段階を共有しないが、スーパーガンダムを改造したあとスーパーガンダムが撃墜されるか自爆してガンダムmkIIだけの状態になると、なぜかガンダムmkIIにスーパーガンダムのユニット改造の改造段階が反映されてしまう。
ウイングガンダムのバグ
PS版で確認。ウイングガンダムとその飛行形態であるバード形態で、改造段階の共有が一部できないバグがある。具体的には、ウイングガンダムのマシンキャノンを改造すると、バード形態のバスタービームライフル（MAP）の改造段階が上がってしまう。またウイングガンダムのバスタービームライフル（MAP）を改造しても、バード形態のどの武器にも、改造段階が反映されない。
マジンガーZのバグ
SS版のシナリオ31「ジェットスクランダー危機一髪！！」でウイングガンダムとガンダムデスサイズの撃墜後に全滅すると、マジンガーZのユニット性能の項目すべてが3段階目まで自動的に改造される（初期ロットのみ）。
味方を倒して経験値&資金稼ぎ
SS版初期ロットでのみ起こるバグ。マップ兵器で味方のみを攻撃した場合は経験値も資金も得られない。しかし敵と味方を一緒にマップ兵器で攻撃すれば、味方の分の経験値と資金を得ることができる（味方を倒して得られる資金は、そのユニットの修理費用の半額）。
ただしコンバトラーVなどの合体メカは、合体状態で巻き込むと味方の分のみならず敵の分の経験値も資金もまったく得られなくなるので、分離させてから攻撃する必要がある。
暴走状態のエヴァ初号機を操作
SS版のバグ。まずはエヴァ初号機のHPを0にして暴走させる。この暴走したエヴァ初号機のHPを0にすると、エヴァ初号機が通常の状態に戻る。この通常の状態に戻ったエヴァ初号機をさらにもう一度HP0にすると、暴走した状態のエヴァ初号機を操作できるようになる。
操作できるようになった暴走状態のエヴァ初号機のHPをまたしても0にすると、今度はエヴァ初号機が撃墜扱いとなり、マップ上から離脱する。その後インターミッションでエヴァ初号機の強化パーツを確認すると、なぜかダミープラグがパイロットのエヴァ初号機に強化パーツが装備されていることになっており、所持強化パーツの情報がバグる。
このとき、他の機体がエヴァ初号機の装備している強化パーツを横取りする形で装備すると、エヴァ初号機の装備している強化パーツが残ったまま、他の機体もエヴァ初号機が装備していた強化パーツを装備できる（つまりエヴァ初号機が装備していた強化パーツが増殖する）。この増殖した強化パーツは、装備を外すと消滅する。SS版初期ロット限定のバグであるらしい。
オーラバトラーのバグ
有名な話だが、SS版Fのオーラバトラーには、パイロットの聖戦士レベルによるボーナス値が正しく反映されていないというバグがある。そのバグは具体的にどのように作用しているのかというと、ダメージ計算式の攻撃側ダメージ結果に、聖戦士ボーナスの値が加算されてしまっているというもの。しかもそれが、本来はハイパーオーラ斬りにのみ反映される予定だったはずが、なぜかハイパーオーラ斬りには反映されず、それ以外の武器すべてに反映されてしまっているのだ（敵味方両方。ただしボチューンは除く。ボチューンのみハイパーオーラ斬りに聖戦士レベルのボーナス値が加算される）。SS版Fでのショウとビルバインがやけに強い理由はそこにある。
例えば、シナリオ20「浮上」では、ショウのレベルは15で、聖戦士レベルは4となっている。このとき、ショウがオーラソードで目の前にいるバーンの乗ったズワァースに与えられる予想ダメージを計算すると、以下のようになる。
- 攻撃側：武器攻撃力1300×格闘攻撃力1.75×地形適応1.2＝2730
- 防御側：装甲1300×地形適応1.2＝1560
- 予想ダメージ：2730−1560＝1170
このように1000ダメージを超えるのがやっとというはずなのだが、実際に攻撃してみると、
なぜか1970ダメージを叩き出してしまう。このカラクリは、計算式1の「2730」という数値に、聖戦士レベル4のハイパーオーラ斬り攻撃力ボーナスである800が加算されてしまい、計算式1の結果が「3530」に増加、そして最終ダメージが導き出されているのだ。同じくワイヤークローやオーラショットでもこのバグの効果は確認できる。またこれは敵も同様で、バーンの攻撃には同じように聖戦士レベル2分のダメージが加算されている。
PS版ではこのバグが修正され、通常の計算通り、ダメージを与えるようになった。上の画像は、SS版Fの画像とまったく同じ状況で攻撃したものだ。ダメージ計算式通りのダメージ値であり、聖戦士のボーナス値分、SS版よりダメージが低くなっているのが分かる。
マップ兵器でクリア条件を満たしたときのバグ
PS版での確認。シナリオ13のような「敵軍は全体の数が○機以下になると全軍撤退」というようなクリア条件があるマップで、マップ兵器を使ってクリア条件を満たすと、なぜか突然カーソルがマップ画面外に移動し、取得資金と取得経験値が表示される。しかし、その後ストーリーは普通に進むため、進行には特に影響はないようだ。
