処分されるユニット

　シナリオ31「異質なるモノへの挽歌」クリア後、使わない機体をウォンが買い取るというイベントが起こり、シナリオ32「ソラと大地のケモノ」に進むと、誰も乗っていないモビルスーツとヘビーメタル、そしてオーラバトラーはなくなってしまう。
　νガンダムなど一部の機体には強制的にパイロットが乗せられてなくなることはないが、それでもシナリオ31が終わったあとのインターミッションではどの機体に誰を乗せて確保するかをよく確かめて入念にチェックしてほしい。処分された機体は二度と戻ってこないので、後悔のないよう、十分に注意すること。

絶対に残る機体

　ザク改2機と旧ザクの計3機は、ザクマニア（？）の強い要望があって、誰も乗っていなくても処分されることはない。

強制的にパイロットが乗せられる機体

• νガンダム（アムロ）
• Ζガンダム（カミーユ）
• ΖΖガンダム（ジュドー）
• F91（シーブック）
• GP-03デンドロビウム（コウ）
• 百式（クワトロ）
• ガンダムmkII（エマ）
• Gディフェンサー（カツ）
• メタス（ファ）
• リ・ガズィ（ルー）
• リ・ガズィ（エル）
• ビルバイン（ショウ）
• エルガイムmkII（ダバ）
• エルガイム（アム）

　以上の機体には、括弧内のパイロットが強制的に乗ることが説明される。つまりここにリストアップされていないモビルスーツ・ヘビーメタル・オーラバトラーは、誰も乗っていなければ処分されてしまう。なおリ・ガズィについては、ルーが搭乗するのはFのシナリオ17「裏切り」で手に入る方で、エルが搭乗するのはFのシナリオ36「目覚めよ、超獣機神」もしくはシナリオ37「合体！！超獣機神ダンクーガ」で手に入る方。

やってはいけない例

　例えばアムロをコアブースターに乗せたままシナリオ32に進んだとする。そうするとアムロはνガンダムへ自動的に乗り換えさせられるため、コアブースターが空いてしまい、処分対象になってしまう。このような事態は絶対に避けること。処分されると困る機体には、強制乗り換えされないパイロットを乗せておこう。

リ・ガズィが1機しかない場合について

　Fのシナリオ36「目覚めよ、超獣機神」もしくはシナリオ37「合体！！超獣機神ダンクーガ」でリ・ガズィを取り逃がしている場合、エルは強制乗り換えさせられる機体がないことになってしまうが、この場合は「搭乗機なし」という形でストーリーが進む。つまり、リ・ガズィが1機しかない状態のときにエルをネモに乗せたままシナリオ32に進んだとすると、エルは強制的に「何にも乗っていない」状態となり、ネモは処分される。

　なお完結編からゲームを開始した場合はリアル系・スーパー系共にリ・ガズィを2機手に入れている状態で始まるので、エルがリ・ガズィに強制乗り換えになるのは確定している。リ・ガズィが1機存在しない分、他のモビルスーツを残せるということはできない。ウィンキーの無慈悲な強制乗り換えにプレイヤーが抗うことは許されないのだ。

ザクのその後について

　一旦はザクマニアの熱烈な訴えによって処分を免れるザク3機だが、ゲーム終盤のストーリー分岐でDCルートを選び、GP-02Aサイサリスかノイエ・ジールを手に入れる場合は、ア・バオア・クーからの帰還時にザク3機が大破し、結局なくなってしまう（ザクを失った、とは言わないので分かりにくい）。ザク改と旧ザクを失いたくないという人は、DCルートを選ばないか、あるいはGP-02Aサイサリスもしくはノイエ・ジールの入手を諦めること。