改造段階の共有と引き継ぎ
一部のユニットの中には、ストーリーの進行上、他のユニットへと強制的に変更されるものがある（例：シャイニングガンダムがゴッドガンダムへ、など）。こうしたユニットについては、これまでおこなった改造段階を引き継ぐので、改造にかけた資金は無駄にならない。また、合体能力を持つユニットは、合体後のユニットと改造段階を共有する。
- ゲッターロボ（ユニット改造のみゲッターすべてで共有し、武器改造は個別に引き継ぐ）
- マジンガーZ（強化型にすべて引き継ぐ）
- GO-03デンドロビウム（ユニット改造と武器改造はGP-03Sステイメンと共有するが、大型ビームサーベルとビームサーベルは共有しない）
- シャイニングガンダム（ゴッドガンダムにすべて引き継ぐ）
- アーガマ（戦艦を乗り換えるごとにすべて引き継ぐ）
- スーパーガンダム（武器はガンダムmkIIとGディフェンサーの武器それぞれと改造段階を共有するが、ユニット改造はスーパーガンダムで独立している。ちなみに合体時の強化パーツはガンダムmkIIに装備しているものが適応される）
アーガマからネェル・アーガマへの武器改造の引き継ぎ先（PS版）
- 120ミリ機関砲→引き継ぎなし
- 160ミリ機関砲→180ミリ機関砲
- 20連装ミサイルランチャー→20連装ミサイルランチャー
- サブメガ粒子砲→サブメガ粒子砲
- メインメガ粒子砲→メインメガ粒子砲
- ハイパーメガ粒子砲→ハイパーメガ粒子砲
ネェル・アーガマからラー・カイラムへの武器改造の引き継ぎ先（PS版）
- 180ミリ機関砲→180ミリ機関砲
- 20連装ミサイルランチャー→20連装ミサイルランチャー
- サブメガ粒子砲→サブメガ粒子砲
- メインメガ粒子砲→メインメガ粒子砲
- ハイパーメガ粒子砲→ハイパーメガ粒子砲
シャイニングガンダムからゴッドガンダムへの武器改造の引き継ぎ先（PS版）
- バルカン→バルカン
- ビームソード→ゴッドストライク
- シャイニングストライク→マシンキャノン
- シャイニングショット→ゴッドスラッシュタイフーン
- シャイニングフィンガー→ゴッドスラッシュ
ゲッターロボGから真・ゲッターロボへの武器改造の引き継ぎ先（PS版）
- スピンカッター→引き継ぎなし
- ダブルトマホークブーメラン→トマホークブーメラン
- ダブルトマホーク→ゲッタートマホーク
- ゲッタービーム→ゲッタービーム
- シャインスパーク→ストナーサンシャイン
- ライガーミサイル→ゲッターミサイル
- チェーンアタック→ミラージュドリル
- ドリルアーム→ゲッタードリル
- ドリルストーム（ゲッター2）→ドリルテンペスト
- 格闘→ハンマーパンチ
- ゲッターサイクロン→引き継ぎなし
- ストロングミサイル→ゲッターミサイル
- 大雪山おろし→大雪山二段返し