39：決戦、第2新東京市

【ストーリー】
　ゴラオンで第2新東京市へ帰ってきたミサトたちは、これからの戦いに向けて、エヴァを最調整する。そこへ、クローン技術の引き渡しを求めて、DCの暗黒大将軍が現れた。新型装甲へ換装したエヴァンゲリオンがさっそく迎え撃つ。

　

　※画像左をマップA、右をマップBとする。

出撃ユニット（マップA）

エヴァ零号機、エヴァ初号機、エヴァ弐号機。

出撃ユニット（マップB）

ゴラオン、エヴァ零号機、エヴァ初号機、エヴァ弐号機。

イベント（マップA）

• シナリオ開始時、エヴァ3機のHP・装甲・運動性を各1回ずつ改造できる。
• 零号機と弐号機の武器にポジトロンライフルが追加される。
• シンジのシンクロ率がチルドレン3人の中でもっとも高い場合、シンジが増長するイベントが起き、敵近くに単独で移動する。
• 暗黒大将軍のHPが31％以下になるかもしくは撃墜すると、第5使徒ラミエルが現れマップクリア。マップBに進む。

イベント（マップB）

• マジンガーZをマジンカイザーにするか強化型マジンガーZにするかの選択肢。
• マップA開始時にシンジのシンクロ率がチルドレン3人の中でもっとも高い場合、シンジがポジトロンスナイパーライフルの砲手になる。それ以外の場合はレイが砲手になる。このポジトロンスナイパーライフルの砲手が撃墜されるとゲームオーバーになる。
• 3PP：ポジトロンスナイパーライフルを発射するイベントが起きて第5使徒ラミエルを撃破。
• このマップでは（1）カトルが仲間になっていない、（2）シナリオ39までに初号機が5回以上暴走している、（3）シナリオ31「異質なるモノへの挽歌」にてシンジが自分の意志で出撃していない、（4）シンジのシンクロ率がレイとアスカより高い、という4条件がすべて揃っている場合、零号機が自爆して第5使徒ラミエルを倒すというイベントが発生し、隠しルートであるシナリオ68「僕がボクとして生まれた理由」へと進むことができる。

解説

　エヴァンゲリオンのために用意されたシナリオマップ。久々に使徒と戦うマップでもある（ほとんどその存在を忘れていた人も多い？）。まずシナリオ開始時に、エヴァ3機のうちからどれか1機のHP・装甲・運動性を各1回ずつ無料で改造するイベントが起きる。これはどうするかはまったくの自由で、すべての改造を好きなエヴァ1機に集中して施すもよし、あるいはHPは初号機、装甲は零号機、運動性は弐号機、などというふうに、バラけさせて改造するのもいい。よく考えて選択しよう。

　まずマップAでは、エヴァ3機だけで暗黒大将軍率いる戦闘獣・機械獣軍団と戦うことになるのだが、これが思いの外苦労する。というのも、敵ユニットの運動性がどういうわけか10段階改造されており、これまでシンジらを育てていないと、ほとんど攻撃が当たらないのだ。普段は空を飛んでいる暗黒大将軍がなぜかこのマップに限っては着地しているという親切な部分もあるのだが、ザコ戦はザコとは呼べないほどに辛い戦いを強いられるだろう。せめてシンジだけでも育てていればなんとかなるが、3人とも育てていない場合はかなりキツく、最悪詰む恐れもある。そんなことにならないよう、ここに来るまでにシンジのレベルを最低40ぐらいまでには上げておきたいが、ご丁寧にもひとつ前のマップではエヴァは出撃できない仕組みになっている（つまり対策ができない）のがまた憎たらしい。一体何でこんな作りにしたのか、よく分からない設定だ。
　もしどうしても敵を倒せそうにないのであれば、まず初号機を敵の群れに飛び込ませ、わざと大破させて暴走状態にしてしまおう。暴走状態になると初号機のパイロットはダミープラグに交代するが、ダミープラグはシンジのレベルよりも10ぐらい高く、また能力値も高めなので、シンジよりはまともに戦えるはずだ。

　なおマップAでは、暗黒大将軍がHP31％以下になるとイベントが起きてしまうので、そうなるよりはきっちり撃墜して資金と経験値をいただておきたい。ザコを倒しながら気力を上げているならば、最後は熱血もしくは魂を使うことで楽に倒せる。

　続くマップBは、クリアするだけなら非常に簡単で、単純に囮であるエヴァ2機が毎ターンひらめきを使い、第5使徒ラミエルの攻撃をかわし続ければいい。3PPにはイベントが起こり、そのイベントの中でラミエルを倒してマップはクリアとなる。細かなところで違いはあるものの、ほぼ原作アニメを再現した展開で終わる。本当にこれだけなので、特に苦労する要素は何ひとつない。マップAとはえらい違いだ。

　しかし、もしこのマップである条件を4つ満たしているのであれば、零号機が自爆をするという、原作アニメとはまったく違う展開となり、渚カヲルが登場する隠しルートへと進むことになる。隠しルートへ進んだ場合はあと2マップでゲームは終わる。最終決戦へ向け、改造をしっかりしておこう。

敵ユニット（マップA）

配置	ユニット・数	HP	パイロット	経験値	獲得資金	強化パーツ
	暗黒大将軍	29000	LV46  暗黒大将軍	360	14200	−
	戦闘獣ダンテ	11000	LV44  ダンテ	230	3000	−
	戦闘獣ズガール×2	12000	LV44  人工知能改	170	3000	−
	戦闘獣グラトニオス	12000	LV44  人工知能改	170	3000	−
	戦闘獣オベリウス	12000	LV44  人工知能改	170	3000	−
	ラインX1×2	13000	LV43  人工知能改	160	3500	−
	機械獣スパルタンK5	12600	LV43  人工知能改	140	3000	−
	機械獣アブドラU6×2	9800	LV43  人工知能改	125	2500	−
	機械獣ジェノバM9×2	7200	LV43  人工知能改	130	2500	−

敵ユニット（マップB）

配置	ユニット・数	HP	パイロット	経験値	獲得資金	強化パーツ
	第5使徒ラミエル	50000	LV60  ラミエル	285	10000	−