完結編にはストーリーに分岐点がいくつか用意されている。分岐後のルートそれぞれに特徴があり、そのルートでしか見れないイベントや、入手できないものが用意されている。このページではルートごとのおおまかな特徴を説明しよう。
Fのときとは違い、シナリオ進行そのものに大きな違いはないが、スーパー系ルートでないとグレートマジンガー及びビューナスAの発進のムービーと、主人公専用機であるグルンガストの変形ムービーを見ることができない。
リアル系ルートはリアル系ルートでなければ見れないムービーがあるわけではないので、ちょっと損をしているような感じもするかもしれないが、リアル系ルート最大のポイントは、副主人公の精神コマンドが優秀であるところ。精神ポイントが多い上に激励と再動という重要なものを覚えるので、サポート役としては超がつくほど役に立つ。またリアル系の主人公と副主人公はモビルスーツに乗り換え可能なので、メタスやコアブースターでレベル上げができるというのも特徴だ。
トッドの説得を重ねていった場合、1話分だけだがルート分岐がある。トッドを説得した場合はトッドが仲間になるだけでなく、トッド専用ダンバインという隠しユニットを手に入れるチャンスがある。逆にトッドを説得しなかった場合は、トッドがハイパー化するムービーを見ることができるほか、ハイパーライネックがロボット大図鑑に登録される。
しかしトッドの説得は、Fでトッドを説得したセーブデータを引き継がないと、完結編でトッドの説得に成功しない。したがってFで説得したデータを引き継いでいる場合は説得成功ルートとハイパー化ルートのどちらもプレイすることが可能だが、Fで説得したデータを引き継いでいない場合は、トッドの説得が成功することは絶対になく、トッド専用ダンバインを手に入れることも絶対に不可能となる（つまりロボット大図鑑を完全に埋めることができない）。
シナリオ32「ソラと大地のケモノ」冒頭で、宇宙に上がるか地上に残るかの選択肢がある。宇宙に上がればイデオン関係のイベントを豊富に見ることができるほか、フルアーマー百式改などの強力なモビルスーツを手に入れることができる。
地上ルートではエヴァンゲリオンとGガンダムのイベントが多く、また真・ゲッターロボや（選択次第で）マジンカイザー発進ムービーも見ることができる。どちらもルート独自のイベントが豊富なので、できればどちらもプレイした方がいい。
なおエヴァエンディングの見れる隠しルートは、行く条件は複雑だが（条件については「エンディングについて」を参照）、ここでしか現れない敵ユニットがいるので、キャラクター事典とロボット大図鑑をすべて埋めるつもりであれば必ず行く必要がある。
ゲーム終盤のDCルートとポセイダルルートの分岐では、手に入る機体や仲間になるパイロットに大きな違いがあり、ストーリーもだいぶ違う。特にガンダムWのメンバーに関しては、ポセイダルルートでないと全員揃わない。同じくポセイダルルートではギャブレーの加入と全9段階改造のバッシュを手に入れられるチャンスがあるのも特徴であり、魅力と言えるだろう。
一方DCルートにはエンディング分岐に関わる重要な選択肢があり、ゲスト三将軍と和解できるのはこちらのルートのみ。ポセイダルルートにはないストーリー展開だ。またDCルートではアムロやクワトロらと並ぶ実力を持つハマーンを仲間にできるチャンスがある。スパロボならではのifストーリーを楽しみたい人にはお勧めだ。