地球文明の監査にやってきた異星人たちとの戦いより4ヵ月…。地球圏ではスペースノイドによる反地球連邦運動が展開されていた。
　それに対し、地球連邦のジャミトフ＝ハイマン准将は、地球圏の安全確保という名目で、特殊部隊「ティターンズ」の結成を計画、その武力で軍内部での影響力を強めようとしていた。
　一方、前大戦で活躍したロンド＝ベル隊は、「ラ・ギアス事件」での長期不在を理由に、その権利・規模を縮小され、責任者であるブライト＝ノア大佐は転属処分、クワトロ＝バジーナ大尉は連邦軍を追い出される形で地球圏を離れ、行方不明となっていた。
　そうした中、太陽系外からの来訪者、オルドナ＝ポセイダルが、大使暗殺を理由として地球圏に対し宣戦を布告。しかしテロ事件やDC残存部隊の対処に手を焼いていた地球連邦軍は、ポセイダル軍の侵攻に十分な対抗手段を取れず、混乱状態に陥っていた。
　また時を同じくして地球では、「使徒」と呼ばれる正体不明の敵が出現。連邦政府管轄下の特務機関「ネルフ」が、「使徒」を撃滅すべく独自に動きだした。

　頻発する不可解な事件、外宇宙からの侵略、使徒と呼ばれる敵の出現、そして秘密裏に進行する数々の新型ロボットの開発計画…。再び地球圏が暗雲に包まれつつある中、ロンド＝ベル隊はこの史上最大の危機に立ち向かうべく、活動を開始する。
　そしてこの戦いは、彼らにとって「FINAL  OPERATION」となる運命にあった……。