スパロボFでは、ゲームスタート時の主人公のパロットタイプ設定により、ゲームのシナリオが大きくふたつに分かれる（リアルロボット系ルートと、スーパーロボット系ルート）。途中、タイプとは関係のない分岐点もあるが、基本的には主人公の設定によるシナリオの変化の方が、ストーリーには影響が大きい。
この主人公タイプによるシナリオ変化は、同一時間上の出来事を、別々の視点から体験する――という認識でいいと思う。それだけならいいのだが、問題は、Fクリアまでの過程で手に入る機体や強化パーツに大きな違いがある、というところだ。このページでは、ルート別に特徴のある点をまとめてみた。どちらのタイプでゲームを開始するか迷っている人は、参考にしてほしい。
実のところリアル系ルートというのはそれほどうまみがない。副主人公の覚える精神コマンドが優秀なのはとても良いのだが、スーパー系ルートと違ってゲシュペンストmkIIが最終話クリア後まで手に入らないのが辛い。また、レベルの低いパイロットの育成に便利なGディフェンサーの入手時期がかなり遅いのも残念なところ。しかし最終話「再会のサンクキングダム」にて、ハマーンの乗るキュベレイを撃墜することができれば、レアな強化パーツであるファティマを入手できるというビッグチャンスもある。スーパー系ルートでのファティマの入手はどうやっても1個が限度なので、この点がリアル系ルートの救いと言えるのではないだろうか。
リアル系ルートに比べ、なにかと恵まれているのがスーパー系ルートだ。まず序盤、ヘタなモビルスーツよりずっと活躍できるテキサスマックが加入する点が結構大きい。またリアル系ルートとは違い、ゲシュペンストmkIIが中盤で入手できるというのも嬉しい。コン・バトラーVの武装も、リアル系ルートよりかなり早い段階で増えるのも特徴だ。残念なのは強化パーツのファティマをどうやっても1個しか入手できないところ。
なお、完結編においても特定ルートでないと観ることのできないムービーデモがある（例えば、グレートマジンガーの発進ムービーはスーパー系ルートでないと観れない）。できれば両ルートのクリアデータを用意して、完結編に臨みたい。
ゲーム中盤、シナリオ20「浮上」以降の分岐点は結局のところ似たようなマップをどちらも攻略することになるのだが、ゴラオンルート（南米）はシナリオ30「敵包囲網を突破せよ」に進む分岐点がある。一方グラン・ガランルート（キエフ）は、分岐点はないがゴラオンルートよりもビルバインが早く手に入るという特徴がある。グラン・ガランルートの方が難易度は若干低い。
ゴラオンルートで進むことができるシナリオ30は、シナリオ23「驚異のデビルガンダム」後に、「このまま進む」という選択肢を選ぶと進める。このマップは敵ユニットが非常に強力で、苦戦は間違いなしという難易度の高いマップ。しかしボスユニットを倒せば、高性能レーダー、メガブースター、ハイブリッドアーマーといった、貴重な強化パーツを得ることもできる。総ターン数は多くなってしまうが、経験値・資金・強化パーツをより多く得たい人は、ゴラオンルートで一儲けするのがお勧めだ。
逆にグラン・ガランルートではそのようなオマケ要素はなく、一本道でシナリオが進む。ビルバインの手に入るタイミングがゴラオンルートより早いので、その点では難易度が低い。総ターン数をなるべく縮めて完結編でセイラを仲間にしたいという人は、グラン・ガランルートがお勧めだ。