改造段階の共有と引き継ぎ

　一部のユニットの中には、ストーリーの進行上、他のユニットへと強制的に変更されるものがある（例：ゲッターロボがゲッターロボGへ、など）。こうしたユニットについては、これまでおこなった改造段階を引き継ぐので、改造にかけた資金は無駄にならない。また、合体能力を持つユニットは、合体後のユニットと改造段階を共有する。

• ゲッターロボ（ユニット改造のみゲッターすべてで共有し、武器改造は個別に引き継ぐ）
• マジンガーZ（JSにすべて引き継ぐ）
• アフロダイA（ダイアナンAにすべて引き継ぐ）
• ボスボロット（ボスボロット改にすべて引き継ぐ）
• トロイホース（戦艦を乗り換えるごとにすべて引き継ぐ）
• スーパーガンダム（武器はガンダムmkIIとGディフェンサーの武器それぞれと改造段階を共有するが、ユニット改造はスーパーガンダムで独立している。ちなみに合体時の強化パーツはガンダムmkIIに装備しているものが適応される）

トロイホースからアーガマへの武器改造の引き継ぎ先（PS版）

• 120ミリ機関砲→メインメガ粒子砲
• サブメガ粒子砲→20連装ミサイルランチャー
• 15連装ミサイルランチャー→サブメガ粒子砲
• メインメガ粒子砲→160ミリ機関砲

　余談になるがスーパー系ルートの場合序盤でヘンケンが一時的に仲間になり、そのときトロイホースに乗っているが、このトロイホースを改造してものちのブライトのトロイホースに改造段階は引き継がれない。スーパー系ルートで戦艦を改造するのは、ブライトたちと合流してからにすること。

ゲッターロボからゲッターロボGへの武器改造の引き継ぎ先（PS版）

• ゲッターレザー→スピンカッター
• ゲッタートマホーク→ダブルトマホーク
• トマホークブーメラン→ダブルトマホークブーメラン
• ゲッタービーム→ゲッタービーム
• ゲッターアーム→ドリルアーム
• ドリルストーム→引き継ぎなし
• ゲッタードリル→チェーンアタック
• ドリルパンチ→ライガーミサイル
• 格闘→格闘
• ゲッターミサイル→ストロングミサイル
• 大雪山おろし→大雪山おろし

　ゲッター2からゲッターライガーへの、ドリルストームの引き継ぎ先がないが、これは完結編で手に入る真・ゲッター2の「ドリルテンペスト」という武器に引き継がれるので、改造は無駄にならない。