シナリオチャート3 〜終盤
終盤はロウ・ニュートラル・カオスでストーリー分岐する。強制的にストーリーが進んでしまったり、方舟に入ってからは二度とミレニアムには戻れないなど、若干強引な部分もある。
- イェソドの街へ行く。ターミナルに入るとSTEVENが現れて、使用できるように改造してくれる。
- イェツラー回廊へ。月齢が新月のときでないと魔王ヘカーテと戦えない。倒したあとはホド、もしくはネツァクに行く。
- ホドで邪龍ティアマットを倒し、アインのカギを手に入れる。
- ネツァクで妖魔マスターテリオンを倒し、ラメドのカギを手に入れる。満月のときでしかマスターテリオンと戦えない。
- イェツラー回廊からティフェレトへ向かう。
- ティフェレトの街に入る。
- ベリアー回廊へ行く。手前でゴモリーに拉致され、ケテル城へ。魔王ルシファーと会い、サタンの話を聞く。
- ゴモリーに送ってもらったあと、ガブリエルによってエデンへ行く。ザインに会い、真の千年王国建設のため協力をするよう迫られる。YESならロウルートへ。NOならエデンから追放される。
- ベリアー回廊手前まで行くと魔王アスタロトと戦いになる。戦闘後ルイ・サイファーが現れ、協力するよう迫られる。YESならカオスルートへ。NOならニュートラルルートへ。
- ベリアー回廊に入ろうとするとアバドンに吸い込まれそうになる。アバドンの中に入ることができる。
- アバドンの中に残っているヴァルハラ・スラム街へ行き、目加田と会う。MAGプレッサー入手。
- MAGプレッサーでアバドンを実体化し、倒す。ベリアー回廊に入れるようになる。
- ベリアー回廊からケセド寺院へ向かう。ケセド寺院でベスに会うと、主人公の全アビリティが1アップ。大日如来はカオスルート以外は戦闘になる。
- ベリアー回廊からゲブラー砦へ向かう。十二神将と魔神アタバクを倒し、アティルト回廊へ。
- アティルト回廊からビナーへ向かう。ビナーの北でフーリーの羽衣を盗む。ビナーの街の神殿に魔王アスタロトを連れて行くと地母神イシュタルと魔神アシュターに分離する。
- センターの22Fからエデンへ向かう。パス・コードは「3470」。ケルビムのチェックをフーリーの羽衣でパスする（ロウルートの場合は羽衣がなくてもOK）。エデン南の森でザインと邪神セトが合体、サタンが復活する。ロウルートであれば大天使サタンが仲魔になる。
- ビナーのフーリーに羽衣を返す。返すと主人公の全アビリティが1アップ。
- アティルト回廊からコクマの塔へ向かう。
- コクマの塔で魔王マーラを倒す。このときカオスルートでかつ主人公の知恵が15以上であれば、マーラと戦わずに済む。マーラの部屋からケテルの地へ。
- ケテル城城門はロウの場合、サタンがいなければ扉を開けられない。ニュートラルのときは将門の刀で扉が開く（ヒヒイロカネ入手。赤坂の鍛冶屋に渡すと月齢10周で将門の刀が完成する）。カオスのときは無条件で入ることができる。
- ケテル城で魔王ベルゼブブと会う。カオスルート以外は戦うことができる。ストーリーには直接関係ないので飛ばしてもよい。
- ケテル城最上階で魔王ルキフグスと魔王ルシファーと会う。カオスルートでは魔王ルシファーが仲魔になり、方舟へ（→24へ）。ロウ、ニュートラルルートでは戦闘になる。倒したあと、ロウルートは方舟55Fへ（→28へ）。ニュートラルルートは地下世界へ行くことになる（→23へ）。
- 地下世界に行くと邪龍クズリュウと戦闘になる。戦闘後、どこかのターミナルに入ると、STEVENと共に方舟へ行く。
- 方舟52Fで神霊ツァバトを倒す。
- 方舟53Fで神霊シャダイを倒す。
- 方舟54Fで神霊エロヒムを倒す。
- 方舟55Fで神霊サタンを倒す。
- サタンの部屋から高次元空間へ。
- 高次元空間にて神霊YHVHを戦闘、勝利すればエンディングへ。