前作と同様、悪魔たちは種族によって分別されている。それは神も例外ではなく、出現する悪魔全てがなんらかの種族に分別されている。この種族については、前作と比べてみると、名称が変わったり、あるいは廃止・統合といったものもあるため、初めのうちはやや分かりにくかったり勘違いしてしまうこともあるかもしれない。しかしこの種族を把握する、さらにその上の大種族を把握するというのは、『真・女神転生2』の特徴のひとつでもある「悪魔合体」を理解する上でとても重要な要素であるので、しっかりと覚えておこう。
| 大種族 | 種族 |
| 神族 | 神霊、魔神、女神、天津神 |
| 鬼神族 | 破壊神、地母神、神将、国津神、邪神 |
| 魔族 | 妖魔、妖精、夜魔、魔王 |
| 飛天族 | 大天使、天使、堕天使 |
| 龍族 | 龍神、龍王、邪龍 |
| 鳥族 | 霊鳥、妖鳥、凶鳥 |
| 獣族 | 神獣、聖獣、魔獣、妖獣 |
| 鬼族 | 地霊、妖鬼、鬼女、邪鬼 |
| 精霊 | 精霊 |
| 邪霊 | 屍鬼、幽鬼、悪霊 |
| 外道 | デモノイド、外道 |
| 人 | メシアン、ガイアーズ |
| マシン | マシン、ウィルス、ワクチン |
| 樹霊 | 妖樹 |
| 不明 | 魔人 |
種族順位は悪魔合体の「3身合体」をおこなうときに、必要となる場合が出てくる。具体的には、同じレベルの悪魔を材料にしたときだ。順位の高い種族を「高レベル」として扱う。なお合体に用いることのできない種族や人は含まれていない。
| 順位 | 種族 | 順位 | 種族 |
| 1 | 大天使 | 13 | 天使 |
| 2 | 天津神 | 14 | 妖鳥 |
| 3 | 霊鳥 | 15 | 龍王 |
| 4 | 女神 | 16 | 妖魔 |
| 5 | 魔神 | 17 | 魔獣 |
| 6 | 神獣 | 18 | 夜魔 |
| 7 | 聖獣 | 19 | 地霊 |
| 8 | 精霊 | 20 | 妖精 |
| 9 | 破壊神 | 21 | 堕天使 |
| 10 | 龍神 | 22 | 妖鬼 |
| 11 | 地母神 | 23 | 鬼女 |
| 12 | 国津神 |
この種族順意表は、ダーク系悪魔による3身合体時に、同じレベルのダーク悪魔が用いられる場合に必要となる。ダーク悪魔3体での3身合体というのもあまり利用する機会はないかもしれないが……。魔王の順位が意外と低いところに、何か違和感を覚える。
| 順位 | 種族 | 順位 | 種族 |
| 1 | 邪神 | 7 | 魔王 | 2 | 凶鳥 | 8 | 邪龍 | 3 | 邪鬼 | 9 | 幽鬼 | 4 | 妖獣 | 10 | 悪霊 | 5 | 妖樹 | 11 | 外道 | 6 | 屍鬼 |